Można wyróżnić kilka metod fluoryzacji. Można podzielić je na metody endogenne oraz egzogenne.

Do metod endogennych, tzw. wewnętrznych, zalicza się fluorowanie wody pitnej (w Polsce zaprzestano fluoryzacji wody pitnej), fluorowanie soli kuchennej (jest to metoda tańsza niż fluorowanie wody pitnej, niestety spożycie soli przez dzieci w 1. i częściowo 2. roku życia jest za małe, aby pokryć zapotrzebowanie na ten pierwiastek) czy gumy do żucia i artykułów spożywczych.

Kolejną metodą fluoryzacji endogennej jest stosowanie kropli lub tabletek do ssania, zawierających fluor. Mniejszym dzieciom oczywiście nie podaje się tabletek do ssania – należy je rozpuścić w wodzie bądź soku lub stosować krople. W tym przypadku bardzo ważne jest dobranie odpowiedniej dawki, którą ustala lekarz. Co więcej, stosowanie tabletek do ssania jest jednocześnie metodą egzogenną, ponieważ fluor podczas ssania ma bezpośredni kontakt z zębami.

Natomiast metoda egzogenna to tzw. metoda kontaktowa, polegająca na bezpośrednim kontakcie fluoru z zębami. Polega na wcieraniu preparatów z fluorem, stosowaniu lakierów fluorowych (dentysta w gabinecie maluje zęby lakierem, który tworzy na nich warstwę, jak lakier na paznokciach) oraz pianek fluorowych (obecnie często stosowane po zabiegu czyszczenia, czyli higienizacji zębów), a także stosowanie past i płukanek z fluorem w domu.

Oddziaływanie fluoru po wyrznięciu zębów polega na ograniczaniu wpływu bakterii próchnico twórczych przez:

• zmniejszenie produkcji kwasów,
• zmniejszenie odkładania płytki bakteryjnej na powierzchni zębów,
• hamowanie przemian metabolicznych węglowodanów w komórce bakteryjnej.

Szansa na wystąpienie ubytków próchnicowych w zębach stałych wzrasta wraz ze wzrostem liczby zębów mlecznych zaatakowanych próchnicą. Wszelkie działania profilaktyczne powinny rozpoczynać się w okresie poprzedzającym wyrzynanie się pierwszych zębów trzonowych stałych. Ich elementem powinno być leczenie próchnicy zębów mlecznych. Zalecane zachowanie higieniczne to szczotkowanie zębów dziecka zwłaszcza pastą z fluorem.